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由于气相色谱仪的ECD检测器灵敏度高，尤其对电负性大的物质如：F、Cl、O等元素敏感，很容易受污染。
污染的形式有：①放射源的流失；②电极表面或放射源的污染；③气路污染。
当气相色谱仪受污染时，会产生较大的本底噪声、基线漂移，出现负响应、严重拖尾等现象。
导致检测器污染的主要因素有：
（1）载气不纯，含有H2O、O2等杂质；
（2）进样口硅胶垫污染；
（3）色谱柱中固定相或固定液发生流失、分解等；
（4）柱头污染；
（5）样品或溶剂中含有某些敏感物质或高沸点物质。
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